月经第六天肚子隐隐疼，通常由痛经所导致，在来月经前几天、月经期以及月经后出现肚子疼痛，都可能是痛经的表现。除痛经外，也可能是其他疾病所导致。
一、痛经：
如果是痛经引起月经期间出现腹部隐痛，大部分是因妇科疾病引起的继发性痛经。
1、原因：常继发于子宫内膜异位、盆腔炎症、子宫内膜炎等疾病，可造成反复下腹部疼痛、阴道分泌物增多等症状；
2、治疗：主要是根据病因进行处理。子宫内膜异位可以手术治疗；如果有盆腔炎症，可以口服妇科千金片或者妇炎净胶囊进行治疗；子宫内膜炎可遵医嘱服用头孢克洛、克林霉素、甲硝唑等药物治疗。同时，在月经期要注意保暖，避免吃寒凉性、温度低的食物。
二、胃肠道疾病：
这类疾病在任何时间都能造成肚子隐隐疼，也可以出现在月经第六天。
1、原因：肠炎或者是肠道的肿瘤，会引起消化异常，都有可能会导致在下腹部位的隐痛感，会出现恶心、呕吐、厌食，大便次数增多等症状；
2、治疗：需要进行系统治疗。比如肠炎可以口服头孢呋辛酯、诺氟沙星等药物治疗；肠道肿瘤可进行内镜或开放性手术治疗 ，日常生活中要注意饮食卫生。
三、泌尿系炎症或者结石：
1、原因：泌尿系统炎症，比如膀胱炎或者是尿道炎，会导致膀胱、尿道黏膜充血水肿，泌尿系统结石在活动过程中刺激引起下腹部，会出现腰部或者下腹部的绞痛、隐痛等情况，还可能会有尿频，尿急，尿痛或者肉眼血尿等表现；
2、治疗：对于泌尿系统的炎症，建议口服环丙沙星治疗；如果是泌尿系的结石，当结石相对比较小的情况下，可以通过服用排石颗粒等药物以及运动将结石排出，如果结石比较大，可以考虑手术或者体外冲击波碎石治疗。
四、盆腔肿瘤：
1、原因：比较大的子宫肌瘤或者是卵巢囊肿，会对人体造成刺激，还可能会出现下腹部坠痛、月经周期紊乱、下腹部包块等症状；
2、治疗：当肿瘤直径大于五公分或者出现蒂扭转的时候，可通过手术的方法治疗，比如做患侧卵巢囊肿切除手术或者子宫肌瘤剔除术。